W 1278 r. Salzburg stał się stolicą niezależnego księstwa (arcybiskupi nosili tytuł książąt Rzeszy). W XVI-XVII w. miały miejsca prześladowania protestantów, którzy masowo opuszczali miasto i region. W 1622 r. powołano do istnienia uniwersytet. W 1756 r. w Salzburgu przyszedł na świat W. A. Mozart. W 1803 r. księstwo salzburskie uległo sekularyzacji i w dwa lata później znalazło się w granicach Austrii (w latach 1810-1816 przejściowo należało do Bawarii).

Ku czci największego syna miasta, Mozarta: muzeum, akademia muzyczna Mozarteum założona w 1841 i doroczne festiwale muzyczno-teatralne.

Twierdza Hohensalzburg na wzgórzu Mönchsberg dominuje nad lewobrzeżną dzielnicą staromiejską. Najstarsze ślady z VIII w. W 1077 zaczęto budowę obecnej twierdzy, która przez dalsze rozbudowy osiągnęła olbrzymie rozmiary. Z pierwotnego założenia zachował się stary zamek z 1077; obecny pałac, dziś jeszcze, ze swym bastionem, murem i fosą, tworzy twierdzę w twierdzy. Główną atrakcją twierdzy jest cenna kaplica św. Jerzego z 1501 r.

Wybitnym przykładem baroku jest XVII-wieczny Schloß Mirabell z pięknym parkiem. Kościół kolegiacki (1696-1707) uważany jest za jedną z piękniejszych świątyń barokowych w Austrii. XIII-wieczny kościół Franciszkanów jest mieszanką stylów z przewagą romanizmu i gotyku. Obok opactwa Benedyktynów z kościołem św. Piotra z XII w. umiejscowiono cmentarz, którego katakumby kryją zwłoki mnichów. Siedzibą arcybiskupów Salzburga była Residenz z XVI-XVIII w., słynąca z pięknych barokowych komnat i obrazów takich mistrzów jak Rembrandt, Tycjan czy Breughel. Obok pałacu znajduje się katedra zbudowana w 1614-28 na wzór bazyliki św. Piotra w Rzymie, w której W. A. Mozart pracował jako koncertmistrz.