Najsłynniejszym zabytkiem miasta jest kościół św. Dominika (Iglesia de Santo Domingo), w dawnym klasztorze Dominikanów, z dwoma ładnymi dzwonnicami. Zbudowany w XVI wieku z zewnątrz wygląda niczym typowa kolonialna katedra, wewnątrz zaś oszałamia ilość złota zużyta do jego ozdobienia. Ołtarz, a szczególnie XVIII-wieczna Capilla del Rosario (Kaplica Różańcowa, na prawo od wejścia) wprost kapią od niego. Przy klasztorze jest interesujące Muzeum Kultury Oaxaki, znane z kolekcji misternej biżuterii misteckiej i innych eksponatów ze złota, turkusu, obsydianu, bursztynu, muszli i szkła. Przedmioty te, pochodzące z ok. 500 r. n.e. odkryto w pobliskim Monte Alban w 1932 r.

San Felipe Neri - stoi dwie przecznice na zachód od katedry, przy ulicy Independencia. W tym kościele brał ślub Benito Juarez.

Basilica de Nuestra Senora de la Soledad z XVII w. z bogatym barokowym wnętrzem wznosi się kawałek dalej przy Av. Morelos. Świątynia mieści rzeźbę Virgen de la Soledad (Matki Boskiej Samotnych, patronki Oaxaki) posiadającą wg wierzeń moc uzdrawiającą, ozdobioną 600 diamentami i wielką perłą.