Mieszkająca w nim liczna społeczność żydowska spowodowała, że wcześnie pojawiła się tu również gmina chrześcijańska. Kilkakrotne trzęsienia ziemi niszczyły miasto, a po trzęsieniu w 1334 r. mieszkańcy doszli do wniosku, że życie tutaj nie jest zdrowe i wyprowadzili się.

Centrum Hierapolis stanowił prawdopodobnie święty basen, dziś basen kąpielowy na dziedzińcu motelu Pamukkale. Rzymskie łaźnie, które są obecnie częścią Muzeum Pamukkale, położone są przed motelem Pamukkale.

W pobliżu muzeum znajdują się ruiny kościoła bizantyjskiego oraz fundamenty świątyni Apollina. Podobnie jak w Didymie i Delfach, w świątyni mieściła się wyrocznia obsługiwana przez kapłanów-eunuchów. Natchnienia dostarczało wyroczni sąsiednie źródło zwane Plutonium, poświęcone bogu świata podziemnego, Plutonowi. Źródło wydzielało trujące opary, śmiertelne dla wszystkich poza samymi kapłanami. Demonstrowali oni przybyszom moc tego gazu, wrzucając do źródła małe zwierzątka i ptaki, które wkrótce zdychały (jest on nadal trujący).

W doskonałym stanie znajduje się rzymski teatr, który może pomieścić ponad 12 000 widzów. Został on wzniesiony w dwóch etapach przez imperatorów Hadriana i Septymiusza Sewera. Zachowała się znaczna część sceny, przetrwały również ozdobne filunki oraz "loże" w przednim rzędzie dla dostojnych gości.

Z teatru, szlakiem wiodącym pod górę, można dostać się do martyrium św. Filipa o ośmiokątnym kształcie. Zostało ono wzniesione na cześć męczeńskiej śmierci świętego, którą poniósł właśnie w tym miejscu. W łukach ośmiu oddzielnych kaplic, które składają się na martyrium, umieszczono krzyże.

Przecinając zbocze w kierunku zachodnim, można znaleźć ruiny teatru hellenistycznego. Stojąc obok teatru i patrząc w dół, widzi się agorę z II w. - jedną z największych, jakie do tej pory odkryto. Z trzech stron rynek otaczały portyki z rzędem kolumn, zaś z czwartej zamykała go bazylika. Przechodząc przez agorę, można zawrócić do głównej drogi, następnie skręcić w prawo w kierunku północnego wyjścia by znaleźć się w miejscu dawnej, wyznaczonej kolumnadą ulicy, z której zachowała się jedynie część kolumn i bruku. Była to kiedyś główna ulica handlowa miasta, która stanowiła jakby jego oś, biegnącą z północy na południe. Po obydwu stronach ulicę wieńczyły łuki triumfalne, na północnym końcu zachowały się do dziś ruiny łuku Domicjana z dwiema bliźniaczymi wieżami. Nie można przeoczyć stojącej przed łukiem latryny, dużego budynku z wpuszczonymi w jego podłogę dwoma kanałami: odprowadzającym ścieki i doprowadzającym czystą wodę.

Za łukiem Domicjana dochodzi się najpierw do ruin łaźni bizantyjskich, następnie do Apijskiej drogi w Hierapolis, wzdłuż której ciągnie się przez kilka kilometrów na północ niezwykła nekropolia (cmentarz), będąca skupiskiem zdumiewających grobowców najróżniejszych kształtów i rozmiarów. Na szczególną uwagę zasługuje kilka grobowców o okrągłym kształcie, które prawdopodobnie w czasach antycznych zwieńczone były symbolami fallicznymi.