W XI w. Manco Capac podporządkował żyjące na tym obszarze plemiona tubylcze. Cuzco powstało około 1200 r., lecz szczyt jego rozwoju nastąpił za panowania dziewiątego Inki Pachacuteca (1438-1471), który najpierw podbił lud Chanka, a w ciągu następnych 25 lat również większą część peruwiańskich Andów. Inka był nie tylko wielkim wodzem, ale i wielkim budowniczym, który przyczynił się znacznie do rozwoju miasta. Zbudował kanały pełniące rolę systemu wodno-kanalizacyjnego i terasy rolnicze, zmieniał bieg rzek Sapphi i Tullumayo oraz wzniósł wiele pałaców i świątyń, w tym słynną świątynię Słońca (Coricancha) i pałac w zachodnim rogu obecnej Plaza de Armas.

Plaza de Armas Nad rynkiem powiewają dwie flagi: czerwono-biała Peru i tęczowa Tahuantinsuyo, oznaczająca cztery części imperium Inków. Sama plaza jest otoczona kolonialnymi arkadami. W jej północno-wschodniej części stoi katedra, a w południowo-wschodniej bogato zdobiona Iglesia de la Compańía. W murach kolonialnych budowli zachowały się pozostałości murów inkaskich, najczęściej w formie podmurowań (np. fragmenty pałacu Pachacuteca w zachodnim rogu placu). Do plaza wiedzie i z niej wychodzi przeznaczona tylko dla pieszych spokojna, zabytkowa ulica Loreto, wzdłuż której wznoszą się zachowane fragmenty murów inkaskich.

Najwięcej dzieł sztuki kolonialnej w mieście znajduje się w katedrze wznoszonej od 1559 r., z którą łączą się dwie inne świątynie: z lewej strony Iglesia de Jesús María z 1733 r., a z prawej najstarsza w Cuzco Iglesia del Triunfo z 1536 r. Niedaleko wejścia do del Triunfo znajduje się krypta, w której pochowano historyka Garcilasa de la Vega urodzonego w Cuzco w 1539 r., a w północno-zachodnim rogu - olbrzymi obraz Marcosa Zapaty Ostatnia wieczerza (szkoła Cuzco), na którym artysta namalował nawet przysmak Inków - cuy z mięsa świnki morskiej. W tylnej części katedry, za nowym, srebrnym ołtarzem, stoi dawny, drewniany ołtarz.
Wznoszący się również na plaza kościół jezuitów La Compańía wyróżnia się bogato zdobioną barokową fasadą. W jego fundamentach są kamienie pochodzące z pałacu Huayna Capaca. Wewnątrz świątyni można zobaczyć piękne obrazy i bogato rzeźbione ołtarze. W 1986 r. kościół został uszkodzony przez trzęsienie ziemi.
Iglesia de la Merced, zbudowana na miejscu kościoła zniszczonego przez trzęsienie ziemi w 1650 r., pochodzi z roku 1654. Na lewo od świątyni znajduje się klasztor i muzeum, w którym można zobaczyć złotą monstrancję wysoką na 1,3 m, ozdobioną kosztownymi kamieniami (1500 diamentów i 1600 pereł).
XVI- i XVII-wieczna przyklasztorna Iglesia de San Francisco (kościół św. Franciszka) zachwyca pięknie rzeźbionym drewnianym chórem i dużym zbiorem kolonialnych obrazów religijnych. Jedno z malowideł, przedstawiające drzewo genealogiczne św. Franciszka z Asyżu, jest ponoć największym obrazem w Ameryce Południowej. Podziemia kryją dwie krypty z ludzkimi szczątkami.
Templo de San Blas szczyci się amboną uważaną za najwspanialszą rzeźbę w drewnie w stylu kolonialnym w Ameryce, oraz odnowionym ołtarzem głównym pokrytym płytkami złota.
Convento de Santa Catalina (klasztor św. Katarzyny) mieści muzeum sztuki kolonialnej i sakralnej, w którego zbiorach są posągi i dekoracyjne fryzy ścienne.
W Coricancha stoi Iglesia de Santo Domingo (kościół św. Dominika), zniszczona w czasie trzęsienia ziemi w 1650 r. i poważnie uszkodzona w kolejnych trzech stuleciach. Wewnątrz klasztoru są pozostałości świątyni Inków.

Coricancha w języku keczua znaczy "złoty dziedziniec". W czasach Inków dach Coricanchy, czyli świątyni Słońca, był zbudowany z drewna i słomy, zaś jedną ze ścian pokrywało 700 złotych płytek ważących po 2 kg. Były to naturalnej wielkości złote i srebrne ziarna kukurydzy. W świątyni Słońca odbywały się obrzędy religijne, tutaj też spoczywały zmumifikowane ciała możnych Inków, które codziennie wynoszono na słońce, którym podawano jedzenie i picie, a później je rytualnie palono. Coricancha była też obserwatorium astronomicznym, służącym kapłanom do obserwacji zmian w układzie ciał niebieskich.
Z zewnątrz widoczna jest sześciometrowa, idealnie gładka ściana, wzniesiona z kamiennych ciosów bez użycia zaprawy, która oparła się licznym tutaj trzęsieniom ziemi.

POBLISKIE RUINY W najbliższej okolicy Cuzco leżą Sacsayhuaman, Qenko, Puca Pucara i Tambo Machay.
Tambo Machay. Zabytek ten nazywany jest El Bańo del Inca, czyli Łaźnią Inki. Mógł mieć znaczenie rytualne, gdyż Inkę czczono jako "pana wody". Źródlana woda o właściwościach leczniczych spływa po wygładzonych kamieniach do nisz, a potem do niewielkiej sadzawki.

Puca Pucara W pewnych porach dnia niewielkie ruiny Puca Pucara wydają się czerwone, stąd tez ich nazwa "czerwony tort".

Qenko (Kenko) to ciekawe skalne sanktuarium, które tworzy kamienna konstrukcja wokół megalitu intihuatana stanowiącego gnomon. Ogromny głaz zasłania grotę uważaną za grobowiec Inki Pachacuteca. Skałę pokrywają rzeźby roślin i zwierząt symbolizujące panowanie Inki nad naturą. W niszach prawdopodobnie składano mumie przygotowane do rytuałów pogrzebowych.

Sacsayhuamán. Nad Cuzco górują ruiny gigantycznej twierdzy Sacsayhuamán. Obecne Sacsayhuamán (zadowolony jastrząb) to tylko jedna piąta dawnej zabudowy. Hiszpanie używali kamieni, z których wzniesiona była twierdza, do budowy własnych domów w Cuzco. Pozostawili tylko największe bloki skalne, w tym jeden ważący 300 ton. Inkowie budowali Cuzco na planie w kształcie pumy, której głową była forteca Sacsayhuamán. Tworzyły ją trzy rzędy zygzakowatych murów (22 zygzaki) zewnętrznych, symbolizujących zęby pumy, oraz wzgórze Rodadero z wałami obronnymi, gładzonymi głazami i pięknie rzeźbionymi kamiennymi ławami ("tron Inków"). Twierdza Sacsayhuamán miała duże znaczenie religijne i strategiczne. Tutaj stoczono jedną z najbardziej krwawych bitew między Hiszpanami a zbuntowanym Inką Manco Capakiem.

PISAC, położone 32 km na północny wschód od Cuzco, jest wygodną bazą wypadową do wsi i ruin Valle Sagrado (świętej Doliny), czyli doliny Urubamba. W odległości 600 m, nad rzeką, wznoszą się ruiny budowli z czasów Inków. Do ruin nad wioską prowadzi brukowana 10-kilometrowa, prawie bezludna droga. Na południowym i wschodnim zboczu góry ciągną się uprawne terasy, a nad nimi trudne do przebycia ścieżki. Wiją się między olbrzymimi kamiennymi bramami, stromymi schodami, tunelem wyrytym w skale, murami, placami i budowlami kultowymi, z których najważniejsza jest stożkowata intihuatana.